En el año 1617 el Duque del Infantado quería ejercer su privilegio sobre uno de los asientos de la antigua parroquia (hoy cementerio). El pueblo ofendido por este hecho, decidió trasladar los oficios a la ermita de San Juan y construir, mientras tanto, una nueva iglesia con su trabajo, dinero y unos cuantos años de sus vidas. Pasaría casi un siglo hasta oficiar la primera misa. En esta iglesia se venera el Cristo del Amparo, patrón de Comillas.
Descripción Arquitectonica: Planta cuadrangular y tres naves. Su torre tiene forma de prisma y fue rematada en el siglo XVIII con una balaustrada. En una hornacina vemos una escultura de San Cristóbal realizada por Jesús Otero (Santillana del Mar 1908-1994).